在涉及行政协议的案件中，审查行政协议是否合法有效往往是解决行政协议纠纷的前提。但是由于行政协议在定性上的双重性，使得对其的审查不可避免更加复杂，出现公法与私法领域中无效规则适用的交集。
目前的适用情况
在目前的司法实践中，法官在审理行政协议无效案件时，在法律适用上一般认为，行政协议具有的两面性，一方面是体现行政管理的“行政性”的一面，另一方面也体现了作为合同“合意性”的一面，所以对于行政协议无效的判断，既要适用行政诉讼法关于无效行政行为的规定，同时也要适用民事法律规范中关于认定合同无效的规定，更进一步说，首先应优先从行政角度考虑，在适用行政法律规范的同时，也可以适用不违反行政法和行政诉讼法强制性规定的民事法律规范。在任洪浩诉湖北省赤壁市人民政府土地征收行政协议案中，最高院对此作出如下释明：行政协议兼具行政性和合同性，对行政协议效力的审查，要以《中华人民共和国行政诉讼法》第七十五条关于确认行政行为无效的规定为基础，结合《中华人民共和国合同法》第五十二条关于合同无效情形的规定，在依法行政原则与保护相对人信赖利益、诚实信用、意思自治等基本原则之间进行利益衡量，只有在行政协议存在重大、明显违法，违反法律法规的强制性规定，损害国家利益、公共利益及他人合法权益时才能确认无效，否则应当认可行政协议的效力。动辄将双方经磋商达成合意的行政协议退回原点，既阻碍行政协议功能的发挥，也有悖于行政协议订立目的的实现。
具体适用的条款
我国《行政诉讼法》75条规定，行政行为有实施主体不具有行政主体资格或者没有依据等重大且明显违法情形，原告申请确认行政行为无效的，人民法院判决确认无效。并且《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》（法释［］号）第99条对上述的“重大且明显违法”作出了进一步的解释，为（一）行政行为实施主体不具有行政主体资格；（二）减损权利或者增加义务的行政行为没有法律规范依据；（三）行政行为的内容客观上不可能实施；（四）其他重大且明显违法的情形。根据该条文，可见75条所指向的是行政行为的无效，并且罗列的重大且明显违法的情形是针对行政行为本身。该条款是否适用于行政协议，学术界仍未有统一定论，目前较为通俗的说法是认为行政协议兼具行政性与契约性，行政主体在行政合同中行使了行政优益权，与传统行政行为近似。但该理论与行政协议的混合性特征并不完全吻合，因此75条并非为行政协议量身定做的条款，只能适用于其中公法约定或行政法律关系。余凌云教授对此评论为“它仅
